Đế chế Mông Cổ sau khi bị đánh bại tại Nhật Bản đã mất phần lớn sức mạnh hải quân, khả năng phòng thủ của hải quân cũng bị suy giảm đáng kể.[24] Cao Ly, nước chịu trách nhiệm đóng tàu cho cuộc xâm lược, cũng mất đi khả năng đóng tàu và khả năng phòng thủ trên biển do một lượng lớn gỗ đã bị đốn hạ.[25] Trong khi đó tại Nhật Bản, không có thêm đất mới giành được vì đây là một cuộc chiến tranh phòng thủ, vì vậy Mạc phủ Kamakura không thể ban thưởng cho các chư hầu gokenin đã tham gia trận chiến, quyền lực của họ cũng bị giảm sút.[26] Sau đó, lợi dụng tình hình này, số lượng người Nhật gia nhập các băng hải tặc (wokou) bắt đầu tăng lên, các cuộc tấn công vào bờ biển của Trung Quốc và Cao Ly ngày càng gia tăng.[24]

Kết quả của cuộc chiến này dẫn đến việc ở Trung Quốc ngày càng có nhiều sự công nhận rằng người Nhật dũng cảm và hung bạo, cũng như tiến hành xâm lược Nhật Bản là vô ích. Vào thời nhà Minh, việc phát động chiến tranh xâm lược Nhật Bản đã được thảo luận ba lần, nhưng nó chưa bao giờ được tiến hành nếu xét đến kết quả của cuộc chiến này.[27][28][29]